Akatsuki ist eine weit verbreitete Organisation, deren Mitglieder durchgehend zwischen den Reichen hin- und herreisen. Ihre zahlreichen Agenten sind in vielen Dörfern auf der ganzen Welt tätig. Diese Agenten arbeiten jeweils für einzelne Mitglieder, und das aus verschiedensten Gründen: Sasori hat einige Agenten in einem Zustand der Gedankenkontrolle, um sie als Spione einzusetzen. Kakuzu hingegen hat eine Gruppe von Leuten, die sich um seine Finanzen kümmert. Weil die einzelnen Mitglieder oft weit von einander entfernt sind, ist ein persönliches Treffen nur schwer möglich. Dafür können sie über eine Form der Telepathie miteinander kommunizieren. Auch können sie Sitzungen halten, bei denen die abwesenden Mitglieder als Projektion anwesend sind. Im zweiten Teil der Serie finden solche Treffen häufiger statt, bedingt durch ihre erhöhte Aktivität.

Akatsuki hat zu keiner Zeit mehr als 10 Mitglieder. Es ist kein Kriterium bekannt, um in die Organisation einzutreten. Die Mitglieder haben die Beziehungen zu ihren Heimatstädten abgelegt und sind als Kriminelle der Klasse S eingetragen, die gefährlichsten und meistgesuchten Personen der Serie.

Mitglieder von Akatsuki arbeiten grundsätzlich in Zweier-Teams. Die Teams werden erstellt, um die einzelnen Fähigkeiten und Talente der Mitglieder zu vervollständigen und ein perfektes Duo zu kreieren. Hidan und Kakuzu nutzen zum Beispiel Hidans Unsterblichkeit zu ihrem Vorteil, indem Kakuzu Fernkampfangriffe auf jene einsetzt, die von Hidan in einen Nahkampf verwickelt werden. Hidan überlebt diese Angriffe, was für die Gegner fatal ist. Zetsu bildet eine Ausnahme, denn er arbeitet immer alleine. Auch ein Mitglied, dessen Partner verstorben ist, arbeitet alleine, bis ihm ein neuer Partner zugeteilt wird. Die Mitglieder entwickeln eine Art Beziehung zu ihren Partnern, die etwas wie Loyalität zu ihm schafft. Allerdings kümmern sich die Mitglieder nicht um die Schicksale ihrer Partner, ihr Interesse gilt dann lediglich dem, der stark genug war, ihn zu töten.