Nagato, genannt Pain (Schmerz), ist sowohl der Leader von Amegakure als auch der offizielle Akatsukileader. Ihm wurde das Kekei Genkai von Rokudo Sennin (Gründer der Ninjawelt), das Rin-negan, vererbt. In seinem Dorf wird er als Gott bezeichnet und seine Partnerin ist Konan.